Le fonctionnement, les réseaux, les activités et animations de la Maison de l’Environnement de Bourgogne Franche-Comté sont possibles grâce au soutien de :

La Région Bourgogne-Franche-Comté est le partenaire privilégié de la Maison de l’environnement de Bourgogne Franche-Comté dont elle a soutenu le développement dès sa création.

La Région finance les locaux où logent actuellement 10 associations de protection de l’environnement ainsi que les activités de la maison de l’environnement de Bourgogne Franche-Comté.

La DREAL de Bourgogne Franche-Comté (Direction Régionale de l’Environnement, de l’Aménagement et du Logement) qui soutient notamment la mise en place d'un pôle ressources au service des citoyens et de l’environnement en Bourgogne-Franche-Comté

Le Ministère de l’éducation nationale par le biais du dispositif FDVA (Fonds de développement de la vie associative) soutient la maison de l’environnement pour la mise en place d’une action de valorisation du bénévolat à travers des vidéos (FDVA Doubs) et le développement d'un pôle ressources au service des citoyens et de l’environnement en Bourgogne-Franche-Comté (FDVA région)

Grand Besançon métropole soutient la Maison de l’environnement en 2021 notamment pour la mise en place d’une action de valorisation du bénévolat à travers des vidéos et le développement de son nouveau site internet